13世纪初，一股蒙古族的军事力量崛起于北方，它的杰出领袖叫铁木真。他统一了蒙古高原的各部落，被尊称为成吉思汗，即“天赐蒙古人的坚强大汗”。1271年，铁木真的孙子忽必烈建立大元帝国，定都于大都（今北京）。
1276年，元兵攻陷临安（今杭州），宋恭帝投降，大臣陆秀夫率残部夺海路南逃，另立年仅7岁的赵昰为皇帝。在元兵的追杀下，陆秀夫窜逃入闽（福建），其目的地就是南方重镇泉州。
南宋时，泉州港和明州港（今浙江宁波）、广州港并列为中国南部三大海港。当时控制泉州城的是南宋的闽广招抚使蒲寿庚，等陆秀夫一行逃到泉州城下，蒲寿庚却做出了一个重大的选择，他下令关闭城门，不让小皇帝进城。众君臣只好绕道泉州城郊，继续向东南流窜。
1279年，宋军在广东新会与追兵展开最后的决战，宋兵全军覆灭，陆秀夫背负幼主赵昺（赵昰的弟弟，赵昰于前一年离世）在崖山投海殉国。享国300多年的宋王朝自此终结。
蒲寿庚叛宋投元，被汉人和史家唾为不齿，不过，他的这一决定不但保全了泉州城上百万生灵，更把泉州带上了一段无比辉煌的历史。由于广东的汉人拼死抵抗，元兵血腥屠杀，“三入广，广州始平”，广州港自此一蹶不振，泉州取而代之，成为中国当时最大的港口。
据国内外学者考证，蒙古大军在全世界屠杀的人数达到1亿人左右，其中约7000万为中国人，这一项记录被保存在《吉尼斯世界纪录》中。
元朝是中国历史上第一个由少数民族建立起来的帝国，它的统治前后达98年。
13世纪末期，一个叫马可·波罗的威尼斯商人口述了一本叫《马可·波罗游记》的书，讲述了他眼中元帝国的繁荣和让人向往的生活。马可·波罗被认为是第一个深入中国的西方人，他自称跑遍了中国的大江南北，还是忽必烈身边的宠臣，他在书中详尽描述了中国各地的风貌。
不过，《马可·波罗游记》中记载的不少数据让后世学者一直不敢相信，比如，他说临安城“方圆约有100英里”，相当于方圆170公里，这一面积比现在的杭州城区面积还要大很多。再如，马可·波罗说临安城有160万户人家，按当时每户4人计算，就有640万人，这也是一个十分夸张的数字。
但《马可·波罗游记》中对泉州海船有细致的描写，他看到的船体底部有二至六层板，而这些细节不见于其他史料，一直到20世纪80年代中期，泉州湾出土宋代沉船，其构造与马可·波罗的描述完全一致。
个人以为，马可·波罗或确实来过中国泉州等地，但不像他书中所说的游历那么多地方和获得的成就。
元朝因军力强大，统治者心态十分开放，根本不在意任何形式的“入侵”，所以，推行了重商主义的政策，经济开发度超过秦汉唐宋，为历代最高。与宋王朝有海外贸易关系的国家和地区共56个，而元代则达到了140多个。据《岛夷志略》记载，与泉州港有贸易往来的国家更多达220个。
1287年，元朝宣布发行不兑换纸币——至元通行宝钞，这不仅是中国，也是世界货币史上最早实行的纯纸币流通制度。纸币发行，最容易引发通货膨胀，元初主持人对此非常小心，纸币发行10多年，币值一直没有下降。因为纸币流通的便利以及政府的有效维持，促进了元朝前期的经济复苏和繁荣。（元朝统治后期，不注重纸币的币值维护，纸币变成废纸，导致百姓破产，统治者丧失公信力。）
蒙古统治者对汉人的势力一直非常警惕，占领了中原疆土的他们似乎从来没有试图“融入”汉文化，一个最突出的事实是，元朝皇帝大多不习汉语，这与之后的清朝皇帝形成鲜明反差。
满清入关后的皇帝无论英明还是昏聩，几乎都深通汉文化的经典子集，治国策略上也比蒙元灵活变通。
元朝末期，纲常败坏，财政负担越来越重，治国者却没有理财之能，蒙古贵族、色目商人与汉族民众的对立情绪无法化解，这个迷信战刀的政权花了将近100年时间，却始终没有让国家成为血肉不分的整体。
1351年前后，天下终于大乱，历经10余年的战事，元朝覆灭，乞丐出身的安徽凤阳人朱元璋夺得政权，于1368年建立了明朝。